ストーリーのつっこみどころというのはこれまでのヤマトにもあったなぁという感覚。
主なところでは、アマールは立場をはっきりしないで地球人類の移民を受け入れちゃったのかとか、古代は勝手に宣戦布告をするなよとか、他国の人たちは簡単にヤマトのために特攻までしちゃうなとか、ヤマトが無敵すぎるとか。
冒頭古代がぼろぼろのブルーノアで敵を撃破するところはこれまでのヤマトにはない感じですごくよかった。SFアクションという感じがした。
ブラックホールを使ってフライバイワープ中の敵艦隊との戦闘もいい感じ。現実としては違うのかもしれないけどじつにSF的な絵になっていたと思う。いちばんの見所と思う。
古代の印象の悪くなるシーンがふたつあってこれはちょっと目をつぶれない。
ひとつは敵要塞が巨大砲を撃つとき古代は回避の指示をヤマトにだけしていてそのため他の地球艦隊が全滅してしまったところ。せめて全艦に指示してそれでもよけきれなかったという描写を入れるだけでいいのに。
それと墜落した救命艇から美雪を助けるシーン。コスモゼロで現場に向かうんじゃ一人しか助ける気がないように見えるよね。せめて現場に着いてから救命艇を呼ぶセリフがあるだけでもずいぶん違うのに。古代の命を粗末にするなってセリフから何かしらのシーンがカットされたんじゃないかと思われるけど。
動物たちがたくさん出るシーンを少し削ってこういう補完するシーンをちょっと足せばよかったのにと思う。